兩岸企業家峰會發端于江蘇省南京市，在國務院臺辦、中央有關部委的關心指導和江蘇省委、省政府的大力支持下，圍繞深化兩岸經貿合作和推動企業轉型升級主題，南京市政府分別于2008年、2010年、2011年和2012年成功舉辦四屆海峽兩岸企業家紫金山峰會，受到了兩岸各界的廣泛關注。 

　　隨著兩岸關系和平發展不斷鞏固深化，兩岸產業的交流與合作需要新思維、新做法，兩岸經濟界迫切需要成立一個最具權威性、開放性、務實性的高端交流合作平臺。在2012年的海峽兩岸企業家紫金山峰會上，與會政經產學界人士發布共同倡議，建議在兩岸分別成立兩岸企業家峰會社團，除每年輪流在大陸及臺灣舉行年會之外，根據兩岸企業界的實際需求設立產業合作推進小組，開展常態化的交流，以具體務實的方式推動兩岸企業的交流合作和產業的融合發展。 

　　在兩岸雙方的共同努力下， 2013年7月，兩岸企業家峰會社團在北京市成立，同年7月，臺灣兩岸企業家峰會社團在臺北市成立。曾培炎、蕭萬長分別當選峰會大陸方面和臺灣方面理事長，盛華仁、江丙坤分別擔任峰會大陸方面和臺灣方面副理事長。雙方峰會理事會分別下設宏觀經濟、能源石化裝備、金融、信息家電、成長型和中小企業、文化創意、生物科技與健康照護等七個產業合作推進小組，由兩岸相關主管部門前負責人和知名企業家擔任召集人，開展經常性的交流互訪和產業對接活動。至此，峰會與兩岸經貿文化論壇、兩會商談、海峽論壇并列為兩岸四大交流合作平臺，成為以兩岸企業家為主體，以匯聚企業家智慧、加強對話交流、深化產業合作為特色的兩岸企業界最有影響的交流平臺。兩岸企業家峰會年會由大陸方面和臺灣方面輪流主辦，南京市為峰會年會大陸永久舉辦地。 

　　2018年7月18日，兩岸企業家峰會第二屆會員大會在人民大會堂成功召開。大會選舉產生了新一屆常務理事會及領導機構，第十八屆中共中央政治局委員、北京市委原書記郭金龍擔任峰會理事長，第十二屆全國人大常委會副委員長張平擔任峰會副理事長，中華全國歸國華僑聯合會原主席林軍擔任秘書長。為適應新形勢下的兩岸經濟發展和產業合作需求，經雙方峰會協商，峰會原七個產業合作推進小組調整為綜合合作交流、能源及環保節能、智能制造及裝備、信息、中小企業合作及青年創業、金融、現代服務業及文化創意、生物科技與健康照護等八個產業合作推進小組，繼續開展常態化的產業對接與交流。 

　　兩岸企業家峰會社團自成立以來，秉持“推動兩岸企業家之間的交流，推進兩岸產業合作，深化兩岸經濟互利合作，維護兩岸關系和平發展，振興中華民族經濟”的宗旨，分別于2013年在南京市、2014年在臺北市、2015年在南京市、2016年在臺灣金門和福建廈門市、2017年在南京市、2018年在廈門市成功舉辦了六次峰會年會；在臺灣舉辦了2014兩岸自由經濟示范區及自由貿易試驗區對接研討會和2015兩岸中小企業合作創新發展論壇，在東莞舉辦了2017兩岸青年就業創業研討會暨青創成果展覽會，在重慶舉辦了2017海峽兩岸中小企業合作重慶峰會，在河南舉辦了2018兩岸智能裝備制造鄭州論壇，在昆山舉辦了2018兩岸青年就業創業研討會，在重慶舉辦了2018海峽兩岸（重慶）青年創業研討會和2018海峽兩岸工業互聯網合作論壇。中共十八屆中央政治局常委、第十二屆全國政協主席俞正聲出席了2013年、2015年、2016年和2017年舉辦的四次峰會年會并發表了重要講話。中共十九屆中央政治局常委、第十三屆全國政協主席汪洋出席了2018年峰會年會并發表了重要講話。